民办学校校长跟法定代表人不是同一个人，该校有资格申请困难学生补助

这个与民办学校校长跟法定代表人不是同一个人无关，看你们学校有没有这个困难学生补助政策
填写申请表，然后自己开一张有村、乡或镇、县民政盖章的贫困证明，拿到学校去申请。贫困证明是最主要的依据。
与地方共同设立国家助学金，用于资助普通本科高校、高等职业学校全日制本专科在校生中家庭经济困难学生和中等职业学校所有全日制在校农村学生及城市家庭经济困难学生。普通本科高校和高等职业学校。国家助学金资助面平均约占全国普通本科高校和高等职业学校在校生总数的20％。财政部、教育部根据生源情况、平均生活费用、院校类别等因素综合确定各省资助面。平均资助标准为每生每年2000元，具体标准由各地根据实际情况在每生每年10003000元范围内确定，可以分为23档。中等职业学校。国家助学金资助所有全日制在校农村学生和城市家庭经济困难学生。资助标准为每生每年1500元，国家资助两年，第三年实行学生工学结合、顶岗实习。国家助学金所需资金由与地方按照国家励志奖学金的资金分担办法共同承担。有条件的地区可以试行运用教育券发放国家助学金的办法。