商业秘密保密协议部分无效是否说明合同全部无效？

条款系双方合意，意思表示真实且并不违反相关法律法规的规定，该条款仍然有效。故B模具公司应严格按照该约定履行其对涉案模具的保管及使用义务，否则即构成违约，并承担相应的违约责任。
结合本案，在生产经营中将商业秘密交付各出资方以供作价评估或正式投产使用前，应当考虑与其他的投资人、商业秘密的评估机构等以合同方式签订保密协议，双方合意明确保密义务、产品归属、限定处分、违约责任等等多种后果，而非仅仅为了保密而订立保密协议书。这样，即使商业秘密保密协议部分无效也不影响权利人维护自身合法权利。

根据《合同法》第五十六条之规定：“无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效”。换言之，商业秘密保密协议部分无效不影响保密协议中其他有效部分的法律约束。那么，关于涉案《保密协议书》中关于“未经A公司书面许可，B模具公司不得自行把所有权归属A公司的模具交付任何第三方加工、生产及使用，如查实有此类事情发生，B模具公司应赔偿A公司该模具总价的三倍”的条款，系对权利作出的限定，意在防止B模具公司擅自将涉案模具交付他人使用。