股权转让是企业转让其持有的股权的行为，而这个行为给企业带来的结果就是获取股权转让所得（或损失）。按照相关规定，企业股权转让所得属于转让财产所得，应以其股权转让收入扣除为取得该股权所发生的成本后的余额为股权转让所得。
1、允许扣除的股权成本为企业投资时实际交付的出资金额。
对此，国税函[2009]698号《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》中规定：股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
2、股权转让收入不得扣除被投资企业留存收益中所可能分配的金额。
关于投资企业享有的被投资企业留存收益的份额究竟能否在转让收入中扣除的问题，原内资、外资企业所得税法的规定并不相同。在2008年颁布了新《企业所得税法》后，总局对这一问题的口径终于统一，并在国税函[2010]79号文中予以明确，即：企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。也就是说，在股权转让中，没有实际分配的留存收益不能作为免税收入予以扣除。这一结论也与《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）中论调一致，即：如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。
