实践中，有村民和合作方使用早已过期的证书、或者是超过证书规定面积私下加建的，这些都属于违法建筑。如果是违法建筑，这种风险非常大，可能被强制拆除，将来拆迁，政府也可能不给予补偿。如果该房屋能够办理房产证书(绿本)，表明政府对产权人的权利是认可的，一般不会是违法建筑。为了避免这种风险，建议在买房时审查该房屋是否有房产证。
另外，即使买房人签了购房合同付完房款，并且实际搬迁进去一直居住，但按照目前国土局的作法，这种房产不能办理房产过户手续。根据我国法律的规定，不动产物权以登记为准，由于农民房没法过户，因此，即使买方一直在居住，但这个房产其实一直是原建房人的房产。在司法实践中，如果买房人是本地集体组织户口的村民，可以认定合同有效;如果买房人是城镇户口居民或者非当地户口的村民的一般认定合同无效。因此，在卖农村房屋时，还要考虑到这方面的风险。
由于土地制度属于世界上最为复杂的制度，且我国目前关于农村房屋买卖缺乏明确系统的法律规定，因此买农村房屋存在着极大的法律风险，这种风险难以评估。鉴于这些复杂的情况，建议您在买农村房屋时，最好是去咨询一下专业的律师，让律师根据您的具体情况，为您出谋划策。
