依据国有土地上房屋征收与补偿条例的规定，进行城中村改造的时候，拆迁安置补偿款是由被拆迁人与征收部门共同协商确定的。
由于“城中村”土地的边缘性、稀缺性、多样性以及相比较于国有土地使用权的低廉性，使它拥有旺盛的需求市场，城中村发展至今，除了原有的宅基地房屋，其上出现了很多的临时用地房屋、无证房屋、小产权房和门面房。而这些房屋基于其性质的不同，补偿标准也不尽相同。
1. 土地。
土地补偿标准主要看土地性质是国有土地还是集体土地，获得国有土地使用权的方式是出让还是划拨，集体土地地块不同评估价也会不同。
2.房屋。
按照该房屋是否有合法房屋权属证书或有合法批建手续，分为三种补偿标准。
第一种：具有合法证书或者手续的房屋、因历史原因无法办理合法证书或者手续的房屋按照评估价给予补偿;
第二种：认定为违法建筑的、征收后开始抢建、加建的房屋面积不予补偿;
第三种：未超过批准期限的临时建筑、其他原因导致的无证房屋一般会折价补偿或者按照建筑成本、重置价格补偿;另外考虑到社会稳定、照顾村民生活水平等因素，拆迁部门也会对违法建筑等房屋进行一定的补偿。
按照房屋用途是住宅还是商用房，亦或是住宅自行改为经营性用房(即门面房)，补偿标准的主要区别在于商业用房的补偿中增加停产停业损失这一项，门面房是否认定为商业用房，主要看是否办理营业执照，是否实际经营等因素。
