土地使用权出让合同由什么部门与土地使用者签订

结论：土地使用权出让合同由土地管理部门与土地使用者签订。
解析：
土地使用权出让合同由土地管理部门与土地使用者签订。根据法律规定，土地使用者在签订土地使用权出让合同后，必须按合同约定支付土地使用权出让金，如果土地使用者不支付土地使用权出让金，则土地管理部门有权解除出让合同，并请求其承担违约责任。
法律依据：
《中华人民共和国城市房地产管理法》第十五条
土地使用权出让，应当签订书面出让合同。
土地使用权出让合同由市、县人民政府土地管理部门与土地使用者签订。
《中华人民共和国城市房地产管理法》第十六条
土地使用者必须按照出让合同约定，支付土地使用权出让金；未按照出让合同约定支付土地使用权出让金的，土地管理部门有权解除合同，并可以请求违约赔偿。