按公司流程走，请丧假扣全勤工资吗？

公司的做法是不合法的。
首先，请假是符合法律规定，有法律依据的，并且履行了公司的请假手续。
其次，在请假的时候公司也没有说会影响到奖金，另外，奖金也是属于劳动者的报酬，公司是不可以随意扣除的。可以与公司协商，如果协商不成，则可以投诉举报或者申请劳动仲裁。