(一)卖方起诉的纠纷。
卖方起诉的纠纷多表现为：卖方没有房屋权属证明，以较低的价格将其农房出卖给非本集体经济组织成员，如城镇居民，但随着房价的飞速上涨，利益的驱动使卖方不甘于当时的价格而试图收回房屋再次获利。因此，卖方常以买卖合同违反《合同法》第52条之规定为由，即违反法律、行政法规之强制性规定的合同为无效合同，请求法院确认房屋买卖合同无效。
(二)买方起诉的纠纷。
买方起诉的纠纷具体来说为：由于农村房屋不具有产权证，或仅有乡镇产权，因此，在买卖合同签订后，买方是无法办理房屋产权过户登记或在合同约定的期限内取得房屋产权的。加之，目前一些政策性文件禁止向城镇居民出售农村房屋，于是买方便起诉至法院，要求确认买卖合同无效，由卖方返还购房款，或请求卖方支付相应的违约金等。
(三)其他与农房买卖有关的纠纷。
此类纠纷并不直接表现为买卖合同纠纷。例如，农房联建一般是农民出地，他人出资来共同修建房屋，修好的房屋由双方协商进行适当分配。
其实常发生的纠纷为：农民在房屋建好后反悔，想独吞房屋，不让出资方入住，出资方只好起诉，请求法院确认其对房屋享有的权利。
