代理权发生争议时，依法律要件分类说，代理权存在的事实，由主张代理权的人负责证明。本条第3款也依法律要件分类说对代理权发生争议时的举证责任进行了分配。
在合同诉讼中，代理关系的有无、被代理人授权情况如何、本人是否对无权代理行为予以追认，转委托是否事先经过被代理人同意等，直接关系到民事责任由谁承担，当事人也常常在这些问题上发生争执。具体分以下情况：
(一)双方就是否存在代理关系发生争执的举证责任
双方就是否存在代理关系发生争执，即一方主张另一方为自己的代理人，故民事活动的后果应由自己承担，另一方则予以否认。在上述争执中，应由主张对方为自己代理人的一方就代理关系的存在负举证责任，以证明代理权存在的事实。例如，在柳州市柳南区人民法院受理的一民事案件中，原告林某诉称：1973年因其姐的房屋需要拆迁，自己便委托被告黄某购买房屋，黄带她去看了蒙某的房屋，随后她便交给黄400元让其购买，但黄某却以自己次子余某之名同蒙某达成买房协议。不久余某便搬人该房居住，后来又退一间房子给蒙某，收回买房款200元。林某认为三被告侵犯了她买房屋的权利，要求法院保护。法院查明余某购买蒙某房屋及后来退还一间均属实，但因原告提不出确切证据，故不能认定代理关系存在。代理人在订立合同时，通常是以被代理人名义与第三人签订合同，但实际生活中也有以自己名义签订而实际上是为他人订立。发生违约行为后，第三人(原告)往往起诉订立合同的人(被告)，要求其履行合同义务或赔偿损失，被告则主张是为被代理人订立的，故应由被代理人承担责任，并主张在订立合同时已将此事口头告知原告，原告则否认已告知。当被告是否为代理人处于真伪不明状态时，举证责任应由哪一方当事人负担?此时似应由被告负举证责任，这不仅因为代理关系的存在是妨碍权利发生的事实，而且该事实处于被告控制之下，被告易于举证。
(二)越权代理或代理权终止争议的举证责任
行为人虽然有代理权，但擅自超越代理权限的范围签订合同 (即越权代理)的，或者行为人本来有代理权，但代理权终止后仍以被代理人名义签订合同(代理权终止)的，均属于无权代理。
如上所述，当事人双方对有无代理权发生争议时，应由主张有代理权的一方负举证责任。但对于超越代理权或者代理权终止后以被代理人名义订立的合同，举证责任分配则截然不同。当原告要求作为被代理人的被告履行合同时，被告主张代理人订立合同时超越了代理权限或者合同是在代理权终止后订立的，此时便应由被告对超越代理权限或代理权已终止的事实负举证责任。如果越权代理或代理权终止的事实已得到证明，双方对被代理人是否追认存在着争议，被告已追认的举证责任就应由原告负担。
主张有代理权的善意一方也可申请撤销合同，但必须证明以下要件事实：
(1)撤销发生在被代理人未予追认之前;
(2)申请人在与超越代理权或者代理权终止之人订立合同时，不知道其不具有代理权;
(3)以通知的方式作出了撤销合同的意思表示。
(三)代理权是否滥用发生争议的举证责任
滥用代理权，是指代理人违背代理权的设定宗旨，损害被代理人利益的代理行为。滥用代理权不同于超越代理权或代理权已经终止而从事代理行为，滥用代理权以代理人具有代理权为前提。在审判实践中，滥用代理权主要包括自己代理及双方代理两种情况。“自己代理”是指代理人以被代理人的名义同自己签订合同。在这种情况下，代理人与被代理人是合同双方当事人，而代理人与相对人则为同一人，合同的内容实际上由代理人一人决定，很容易造成对被代理人利益的损害。“双方代理”是指代理人以被代理人的名义同自己代理的其他人签订合同，俗称“一手托两家”。在这种情况下，合同的内容实际上也是由一人决定，不能反映双方协商一致的真实意思表示。此外，滥用代理权还表现为代理人和第三人恶意串通损害被代理人利益的情况。
当代理人与被代理人之间对是否滥用代理权发生争议时，应由主张滥用代理权的一方就代理权滥用的事实负举证责任。如当被代理人要求第三人和代理人对其受到的损害负连带责任时，应就双方恶意串通的事实负举证责任。
(四)表见代理发生争议的举证责任
表见代理是指行为人虽无代理权，但因被代理人的行为造成了足以使善意相对人客观上有充分理由相信行为人具有代理权的表征，被代理人须对之负授权人责任的代理。简言之，即本无代理权，表面上却足以令人信其有代理权而按有权代理对待的行为。因表见代理而订立的合同为有效合同，对被代理人发生预期的法律效果(合同法第49条)。表见代理有三种构成类型：
分为举证和反举证，若不能提供切实的证据，证明自己确实没有侵害他人的财产，那么，就需要承担民事赔偿责任，并且需要尽力将财产恢复至原状。对于局部承担赔偿责任，或者没有能力承担的。人法院可能会拍卖其名下的不动产。
