1、起诉离婚，证明分居两年的方式如下：
（1）当地的居住证或者居住登记。夫妻双方分居后，如果一方去了外地，那么可以进行居住登记或者办理居住证。这些证据是政府部门出具的，有较高的证明力；
（2）房屋租赁合同，水电物业缴费单据等等。这些证据能够证明夫妻一方在某地居住的事实；
（3）分居协议。分居协议可以向对方寄送，并且注意保留邮寄的相关单据；
（4）关于能够证明双方分居事实的聊天记录，通话录音；
（5）同事，朋友，邻居等熟悉的人员出具的证人证言。
2、法律依据：
《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
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