一：贷款利率的不同
因政策的变化，具体的利率存在着差别，但因公积金贷款是不以盈利为目的的政策性贷款，因此它的利率相对较低，而商业银行贷款是以赢利为目的，相对利率高一些。
二：贷款比例的不同
商业贷款和公积金贷款购置同样的一套房子，商业贷款的首套房子可以贷到七成的话，那么纯公积金贷款的首套则最多可贷款到八成。
三：贷款流程的不同
1.公积金贷款买房流程：资质审核、房屋核验——网签——评估——面签——初审——签借款合同——缴税——过户——放款——拿房本；
2．商业贷款买房流程：资质审核、房屋核验——网签——评估——面签／审核——缴税——过户——放款——拿房本——拿尾款。
四：审批时间的不同
在审批时间上，由于两者的流程存在着差异，商业贷款的整个贷款时间大约在20个工作日，公积金贷款的整个贷款时间则大约需要40个工作日（随政策的变化以及地域的不同具体的办理时间也随之调整）。
这主要是由于商业贷款在借款人签订购房合同后，直接到相关银行经办机构或与银行签订合作协议的开发商处提供有关材料即可办理。但是公积金贷款需要前往住房资金管理中心进行申请，接受住房资金管理中心的初审，再转交到银行，这样一来办理的时间就相对要久一些。
五：贷款来源的不同
商业贷款的款项来源主要是商业银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款则是公积金缴费者缴纳的资金。
六：使用人群的不同
商业贷款是公开性的，只要符合贷款的条件则都可以进行贷款，而公积金贷款需满足公积金按月足额缴存6个月以上，具有稳定的职业和收入稳定者才可以进行申请贷款，相对要求更高些。
七：利息用途的不同
商业房贷所收取的利息属于是商业行为的盈利，归相关的投资人所取，而公积金利息则是有政策规定用途，只能用于保障性住房建设。
八：审批机构的不同
商业贷款买房的主要审批机构是银行，决定权也是在银行手上，但公积金房贷则是通过公积金管理中心审批，它的最终决定权在公积金管理中心，银行只是一个执行机构的角色。
九：年限和额度的不同
当然每一个城市的公积金管理中心规定以及每一个银行的规定存在着差异，但相对而言商业贷款的还款期限更长久更加的灵活并且额度也略高一些。
十：购买房的类型和二套房政策的不同
商业贷款可以用来买住宅、商住，但是公积金贷款不能用于购买商住，只能用于买住宅、装修、租房等。另外，商业贷款对二套房贷的政策性限制比较多并且利率更高些；而公积金贷款则基本不受二套房贷的政策影响，享受的优惠利率也是与首套购买房相同（不同城市规定不一样，具体以实际操作为准）。
