叔叔被非法扣除了违约金，员工被辞退在中介扣违约金怎么办

签订合同后可以在合同中约定违约金以及违约金的金额和支付方式如果违约后不支付违约金的可以向仲裁机构申请仲裁或到法院起诉。
违约金应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。若没有约定违约金的可以按照当事人约定的定金数额超过主合同标的额百分之二十的超过的部分人民法院不予支持。

如果被辞退，可以申请劳动仲裁，要求赔偿。中介不得无故扣押员工的工资，只要员工付出了劳动，就可以获得劳动报酬，中介无权扣押员工的工资，如中介拒不返还，当事人可以到法院起诉中介。用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
1、克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
2、拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;
3、低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
4、解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。