但部门主管说我们是工作责任制,要求加班加点完成工作,特殊时候还要求停休,这样合法么?

如果你这个“实习期”不是在校生的实习，而是应聘后单位和你约定的“实习”，那么这个期间属于“试用期”，在试用期内，你对加班报酬和其他劳动者享有同等待遇，即单位应当按照《劳动法》第四十四条规定支付你加班费：
有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。