承包商在取得合同资格后，应把主要的精力转入到合同谈判签约阶段，其主要的工作是对合同文本进行审查，进行合同风险分析以及最终签订有利的工程承包合同。
1、工程承包合同文本条款的审查
合同文本通常指合同协议书和合同条款等文件，是合同的核心。合同的文本尽量采用我国《建设工程合同示范文本》或国际通用的FIDIC条款作为合同文本的依据，主要解决如下问题：
(1)内容齐全、条款完整、不能漏项，对合同规定的工程实施过程中的各种可能情况都要作预测、说明，以防日后争执。
(2)定义清楚、准确，双方工程责任界限明确，不能含糊不清。
(3)合同条款应体现双方平等互利，即责任和权利、工程和报酬之间的平衡。
2、合同风险的分析和对策
通过对合同文本的审查，应结合工程的实际情况进行合同的风险分析，并采取相应的对策。由于承包工程的特点和建筑市场的激烈竞争，承包工程过程中风险极大，范围很广，常见的风险有三类：业主资信的风险，外界环境的风险，工程的技术、经济和法律等方面的风险。
工程上的许多风险是客观存在的，对那些影响到一个地区或整个社会利益的，无论是业主还是施工单位都应以符合国家和社会利益为前提，不能互相推诿，要责无旁贷，合同中应体现出有效防范和化解风险措施的具体条款。此外，如何减少或避免风险，是承包商合同谈判的重点。对于已分析的工程承包中存在的风险，主要对策如下：
(1)在报价过程中，承包商应充分考虑到风险因素，可采用风险大的分项工程先抛开，再与业主议价谈判，其次合同中规定应由承包商承担的风险要增加风险附加费，或采用多方案不平衡报价以供业主选择。但这些方法要根据自己竞争的能力以及抗风险的能力而确定，以免影响中标。
(2)通过合同谈判，使合同能体现双方的责权利关系的平衡，尽量避免业主单方面苛刻的约束条件，并相应提出约束条件。尽可能将风险大的合同责任尽量采用分摊的原则，尽可能使双方形成一种共同抵御、共同承担的密切合作关系，但同时施工单位也可相应地减少一些利益。以水柏铁路为例，工程中标后，因工程类型多，尤其是桥梁工程较多，按设计要求及我单位实际情况，要么购买大量的新设备及模板、模具，要么从北京长途调运，这样要大量增加投入，谈判中我们建议业主增加投资，但业主不肯让步，为了减少风险损失，我们采取与业主合作，将部分桥梁工程分包给业主指定的并具有同等资质的专业承包商施工，以回避风险。
3、合同的谈判与签约
承包商通过以上各项工作，在合同谈判阶段，应选择最有合同谈判能力和经验的人作为主谈进行合同谈判，其他各部门应积极配合，提供资料和建议。
(1)符合承包商的基本目标。
承包商的基本目标是取得工程利润，这个利可能是该工程的盈利，也可能是承包商的长远利益。
(2)积极争取自己的正当利益。
虽然合同法赋予合同双方平等的法律地位和权力，但在实际的经济活动中，绝对的平等是不存在的，权力还要靠承包商自己去争取，如有可能，应争取合同文本的拟搞权。对业主提出的合同文本，双方应对每个条款都作具体的商讨。另外，对重大问题不能客气和让步，切不可在观念上把自己放在被动的地位，当然，谈判策略和技巧是极为重要的。
(3)重视合同的法律性质。
合同一经签订，即成为合同双方的最高法律，合同中的每一条都与双方利害相关。所以在合同谈判和签订中，应注意以下两点：
① 切问题必须“先小人，后君子”，对可能发生的情况和各个细节问题都要考虑到，并作明确的确定，不能有侥幸的心理。
②一切问题都应明确具体地规定，不要以口头承诺和保证，要相信“一字千金”，不要相信“一诺千金”。
综上所述，工程承包合同签订流程首先要做好预算、进行报价参与招投标，获取合同承包资格，其次就承包合同的价格、施工条件、双方的权力义务、预计可实现利润等细节与发包方展开谈判，尽量对所有工程细节进行明确约定，并体现在书面合同条款中，避免后期出现异议和纠纷。
