对于主发起人投入的净资产及相关的资产负债，首先应由原企业将审计调整和资产评估清查调整事项入账，编制建账日原企业会计报表，包括资产负债表、利润表、现金流量表。然后，按照与评估基准日剥离调整相同的口径编制公司建账日的模拟资产负债表和利润表，该表的编制仍以历史成本为计价基础。其中，可通过货币资金的调节，使剥离后的公司净资产等于原企业评估基准日评估前的净资产，即与评估报告中净资产清查调整后的账面值一致。如按协议评估基准日至公司成立日之间产生的净利润归新老股东共享，还应当加上期间的净利润。再按前述模拟资产负债表中的金额，加减相应的评估增减值后确定净资产及相关的资产负债的入账金额，编制会计凭证，记入公司账内。其会计分录为：借记各资产项目，贷记各负债项目，同时按净资产中属于股本的部分贷记“股本”，按净资产中属于溢价的部分贷记“资本公积”。
评估基准日至公司成立日之间，由于原企业的经营活动，资产的形态和数额发生了变动，可能会对评估结果产生影响。因此，按上述方法进行会计处理后，还应对评估基准日存在评估增减值、但至公司成立日已销售或处理的资产，结转其相应的评估增减值。结转评估增值部分时，借记“其他应收款”（评估基准日至公司成立日之间产生的净利润归主发起人）或“资本公积”（评估基准日至公司成立日之间产生的净利润归新老股东共享），贷记相应的资产项目；评估减值作相反的会计处理。同时，与主发起人产生的应收应付项目应及时结清。
发起人投入的固定资产按投资各方确认的价值作为入账价值。因此，公司建账时，应以评估调整后的固定资产净值作为固定资产入账价值。按固定资产净值入账后，公司应按尚可使用年限计提折旧。
其他发起人以净资产出资的，按上述相同方法进行处理；以现金出资的，借记“银行存款”，贷记“股本”和“资本公积”。
改制企业建账的特殊会计处理
1.评估基准日至公司成立日之间实现利润的归属
因在公司未成立、评估目的未实现之前，拟投入公司的资产仍由主发起人经营管理，由于资产产权未发生变化，评估基准日至公司成立日这一持续经营期间实现的利润理应归原企业。如针对国有企业改制，财政部《关于印发〈企业公司制改建有关国有资本管理与财务处理的暂行规定〉的通知》（财企［2002］313号）规定：自评估基准日到公司制企业设立登记日的有效期内，原企业实现利润而增加的净资产，应当上缴国有资本持有单位，或经国有资本持有单位同意，作为公司制企业国家独享资本公积管理，留待以后年度扩股时转增国有股份；对原企业经营亏损而减少的净资产，由国有资本持有单位补足，或者由公司制企业用以后年度国有股份应分得的股利补足。目前有部分改制企业约定评估基准日至公司成立日之间产生的净利润归新老股东共享，笔者认为，此举应经原企业的股东同意或报经同级国有资产管理部门批准。
2.评估基准日至公司成立日之间资产折旧、摊销
由于新公司的股本依据评估后的净资产折股形成，为了不影响公司资本保全，一般应对进入公司的资产按评估后的金额补提评估基准日至公司成立日之间折旧或补计摊销，借记“其他应收款”（评估基准日至公司成立日之间产生的净利润归主发起人）或“资本公积”（评估基准日至公司成立日之间产生的净利润归新老股东共享），贷记相应的资产项目。
如果其金额较小，不会导致发起人出资不实，影响公司资本保全，则评估基准日至公司成立日之间资产折旧、摊销也可按原账面值进行账务处理。如果上述期间实现的利润已分配给主发起人的，公司应在会计报表附注中作出说明。
3.权益法核算的长期股权投资会计处理
被投资单位应将审计调整和资产评估清查调整事项入账，但不应对评估增减值进行账务处理，在此基础上编制公司建账日会计报表。
公司应按评估调整后的金额确定为初始投资成本，并根据被投资单位的会计报表计算应享有被投资单位所有者权益份额，初始投资成本大于应享有被投资单位所有者权益份额的差额作为股权投资差额，按被投资单位剩余经营年限摊销；如果初始投资成本小于应享有被投资单位所有者权益份额的差额，则作增加资本公积处理。
4.按《企业会计制度》计提减值准备
公司应根据建账后的应收款项余额和确定的坏账准备计提政策计提建账日的坏账准备，借记“未分配利润”，贷记“坏账准备”。由于此未分配利润负数是评估结果与会计核算衔接中出现的问题，并不是出资不实所致，理应由公司以后产生的利润进行弥补。如建账日存在其他资产减值情形，计提的资产减值准备处理一般应作借记“其他应收款”处理，发起人应及时以现金补足。
5.企业所得税和资产的计税成本
整体改制企业的资产投入公司时，经省级以上税务部门审核确认，原企业不确认资产转让所得或损失，公司可以按评估确认价值作为资产的计税成本，不需要进行所得税纳税调整。
