个人的代通知金和经济补偿金扣税吗?

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1、代通知金不是法定概念而是一种通常称谓，它是指在符合《劳动合同法》第四十条的规定的情形之一时，用人单位没有选择提前30天以书面形式通知劳动者，而选择额外支付劳动者一个月工资后与劳动者解除劳动合同，这支付的一个月工资通常就被称为代通知金。
2、经济补偿金是在劳动合同解除或终止后，用人单位依法根据劳动者在本单位的工作年限和其工资标准一次性支付给劳动者的经济上的补偿。用人单位应该支付经济补偿金的情形和标准在《劳动合同法》第四十六条 、第四十七条中有明确的规定。
代通知金和经济补偿金扣税标准根据《劳动合同法》
第四十条 有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
第四十六条 有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条 规定解除劳动合同的；
（二）用人单位依照本法第三十六条 规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
（三）用人单位依照本法第四十条 规定解除劳动合同的；
（四）用人单位依照本法第四十一条 第一款规定解除劳动合同的；
（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条 第一项规定终止固定期限劳动合同的；
（六）依照本法第四十四条 第四项、第五项规定终止劳动合同的；
（七）法律、行政法规规定的其他情形。
第四十七条 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

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从楼主表述的情况看，经济补偿（2个月工资）不上税，代通知金（1个月工资）上税。并且公司还额外支付一笔经济补助，估计金额不小，要上税。
建议楼主这么做，将看病支出的住院费、治疗费、药费，已经支付完毕的，社险没有给予报销的这部分，拿到单位，如果票据都在一起，报了社险了，就复印单据，请单位依据这些没有报销的医疗费支付经济补助，估计会和应该给你的经济补助差相比不多，这些实实在在已经支付的医疗费，等同于支付给离职职工的困难补助，或者请单位将所谓的经济补助这个称谓，直接改为困难补助。
税务局一般对于个人得到已经支付医疗费的报销款，一般是不会认定为额外个人所得的，起码的人性还是有的。如果这个给楼主的补助，有药费单据证明确实已花，并且就叫“困难补助”，应该是不会引的税务罚企业没有对这笔补助代扣代缴个人所得税的。
请楼主和单位协商，试一试，单位实在不同意，也没有办法。其实从税务的角度，的确不会怎么样的。

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代通知金属于工资收入，应按个人所得税税率纳税。
根据《劳动合同法实施条例》第二十条代通知金如何扣税：用人单位依照劳动合同法第四十条的规定，选择额外支付劳动者一个月工资解除劳动合同的，其额外支付的工资应当按照该劳动者上一个月的工资标准确定。