专利行政复议的机构，也称专利行政复议的机构的主管机关。与专利行政复议的两类申请人一致，也存在专利行政复议的两类机构。第一类机构，《行政复议法》第14条规定：对国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府的具体行政行为不服的，向作出该具体行政行为的国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府申请行政复议。国家知识产权局属于国务院直属机构，性质上相当于国务院部门，因此，对其作出的具体行政行为，应由其本身进行复议。当然，尽管作出具体行政行为的机关与作出复议决定的机关同一，但内部的处理部门却可以不同。根据《行政复议规程》第3条：国家知识产权局法律事务处(以下简称“法律事务处”)负责行政复议的具体工作。第二类机构，根据《行政复议法》第12条的规定，对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。所以，此类行政复议，既可以向管理专利工作的部门所属的本级人民政府提出申请，也可以向上一级管理专利工作的部门提出申请。
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