l、犯本罪的，处5年以下有期徒刑或者拘役，并处2万元以上20万元以下罚金;情节严重的，处5年以上l0年以下有期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金。所谓情节严重，是指诈骗数额巨大或者具有其他严重情节。所谓数额巨大，根据有关司法解释的规定，是指个人诈骗数额达5万元以上，单位诈骗金额达30万元以上。至于其他严重情节，一般是指进行金融凭证诈骗集团的首要分子;多次进行金融凭证诈骗、恶习不改的;因其诈骗造成受害人巨大经济损失的;金融凭证诈骗款项用于其他违法犯罪活动的;等等。
2、犯本罪，情节特别严重的，处l0年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金或者没收财产。所谓情节特别严重，是指诈骗数额特别自大或者具有其他特别严重情节。个人诈骗数额达到10元以上，单位诈骗达到100万元以上的，根据有关司法解释的规定，即可认定为数额特别巨大。至于其他特别严重情节，主要是指以金融凭证诈骗为常业的，因其诈骗造成他人特别巨大经济损失的，属于惯犯、累犯或多次作案的，具有多个严重情节的，等等。
3、犯本罪，数额特别巨大并且给国家和人民利益造成特别重大损失的，处无期徒刑或者死刑，并处没收财产。
根据本法第200条规定，单位犯本罪的，判处罚金;对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员、处5年以下有期徒刑或者拘役;数额巨大或者有其他严重情节的，处5年以上10年以下有期徒刑;数额特别巨大或者有其他恃别严重情节的，处10年以上有期徒刑或者无期徒刑。
因为金融凭证诈骗罪属于故意犯罪，所以过失实施了相关行为的，无法被认定为本罪。而成立本罪，也要求进行诈骗活动过程中，涉及到的金额达到较大的标准，否则的话可能也不能以金融凭证诈骗罪来论处。在处罚上面，对自然人的处罚分为了四个幅度，其中构成本罪，同时数额达到特别巨大标准，也给国家、人民利益造成了特别重大的损失，那么可以对行为人判处无期徒刑或者死刑，同时还会没收个人财产。
