国有企业改制中会暴露出很多历史遗留问题，如以前拖欠员工的工资、福利费、社会统筹、集资款，伤病残职工的安置，退养职工的处置等等，这些问题应在企业改制中一次性予以解决，以免给改制后的企业留下尾巴，拖累改制后企业的发展。
(一)拖欠职工的工资、福利费处理
根据财企[2002]313号文件的有关规定，企业账面原有的应付福利费仍转为改制后企业的流动负债，账面原有应付工资余额中欠发员工工资部分可发放给员工也可在扣除个人所得税后转为个人投资。
(二)拖欠或尚未建立职工的社会统筹处理
财企[2002]313号文件规定，对于尚未建立社会统筹的企业改制时应为员工一次性交付移交社会保障机构管理的社会保险费，并从改制企业净资产中扣除或者从改制企业剥离资产出售收入中优先支付，对于已建立社会统筹但欠缴社会保险费的，应当以改制企业现有资产优先予以清偿。
(三)职工集资款处理
改制企业未退还的职工集资款有两种形式，一种是长期负债的形式，另一种是入股的形式，对于这两种形式的职工集资款都可以以现有资产进行清偿，也可以在员工自愿的前提下，转为员工对改制后企业的个人投资。
(四)尚未房改的员工住房处理
改制企业的员工住房，对于尚未签订合同、交付房款、进行房改的，应向有关部门申请办理房改事项，按照有关规定向员工出售，对于员工在房改中不购买住房的按照相关规定处理。
没有纳入社会统筹的离休职工的医疗费和退休金，改制企业可按照当时标准或参考当地政府出台的标准，按照一定年限从改制企业的国有净资产中扣除，并设定专门账户进行管理，定期予以支付。
(六)伤病残员工的处理
对于伤病残员工的处理，按照《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》劳部发[1994]481号的规定，“劳动者患病或者非因工负伤，经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作、也不能从事用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单位应按其在本单位的工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百“，或者按照当地政府出台的标准一次性解除这部分员工的劳动合同，并使这部分员工能够得到切实可靠的安置。
(七)内退员工的处理
对于改制前已办理内退手续的员工，应计算其从改制时距正式退休年龄时需向其支付的退养费用和其他工资性费用，从国有净资产中一次性扣除，并设定专门账户进行管理定期予以支付。另外，对于这部分员工也可以按照解除员工劳动合同进行经济补偿方式处置。
(八)停薪留职、放长假员工的处理对于停薪留职、放长假员工的处理，应按照解除劳动合同经济补偿方式进行处置，具体工龄的确定应为劳动部门认定的其工龄为标准，一次性解除这部分员工的劳动合同，为改制后企业减轻负担。
