逾期办理店面房产证的违约金一般按照合同中约定的标准执行，在合同中没有约定违约金，就可以按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。
当事人约定的违约金高于实际损失的30%的，一般认为属于过分高于损失，可以请求法院予以适当减少。
《最高人民法院关于适用合同法的司法解释》二第二十九条 当事人主张约定的违约金过高请求予以适当减少的，人民法院应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决。
当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为合同法第一百一十四条第二款规定的“过分高于造成的损失”。
