工程结算审计是对施工单位在工程竣工或年度终了时，与建设单位所办理的工程价款结算的审计。其主要内容：
（１）中间结算（含跨年）检查工程形象进度的工程量，施工产值和预算成本是否正确、真实、本期应结工程价款净值是否与本期实际完成的施工产值或结算价值，扣除预收工程款、抵扣备料款、甲方材料款以及其他应扣款后的余额相符；
（２）竣工结算，应审查竣工质量验收、竣工决算的合规性，未完部分尾工预提费用的合理性以及双方经济往来是否清楚，有无违反结算纪律行为。
结算时，除了合同约定的项目和金额，还有变更单、甲方与监理签字盖章的所有变更、新增、调减的项目单据，月进度款单据、超过一定百分比比如10％的材料涨价凭证等等，都纳入工程款结算。详细流程是：
１、核对与编制好结算资料基础。任何一个工程项目，在编制结算时都要以相关资料依为依据。因此在审核时，首先要对相关资料进行审查。
２、工程量是审核的关键。工程量、价是工程造价的主体。运作中具有较大的弹性和隐蔽性。审核工程量是重点，也是难点。
３、定额单价的审核不可忽视。在一般情况下，工程的定额单价都有具体规定，编制工程结算时只要参照定额单价的明细子目直接就可以套用。然而在实际操作中，定额单价套用往往出现差错。
４、其他费用的审核坚持合情合理。其他费用，由于计算方法不同于工程量和定额单价的套用，故在审核中要根据费用的发生具体对待。法律依据：《建设工程价款结算暂行办法》第十一条工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，发、承包双方应依照下列规定与文件协商处理：
（一）国家有关法律、法规和规章制度；
（二）国务院建设行政主管部门、省、自治区、直辖市或有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法等有关规定；
（三）建设项目的合同、补充协议、变更签证和现场签证，以及经发、承包人认可的其他有效文件；
（四）其他可依据的材料。
工程竣工结算由承包人或受其委托具有相应资质的工程造价咨询人编制，由发包人或受其委托具有相应资质的工程造价咨询人核对。 工程竣工结算的依据主要有以下几个方面：
（１）《建设工程工程量清单计价规范》；
（２）施工合同（工程合同）；
（３）工程竣工图纸及资料；
（４）双方确认的工程量；
（５）双方确认追加（减）的工程价款；
（６）双方确认的索赔、现场签证事项及价款；
（７）投标文件；
（８）招标文件；
（９）其他依据。
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