仲裁对单位一般没有影响，只是需要履行仲裁决定。如果劳动者申请仲裁的内容具有群体性，比如公司不给交社保、不支付加班费、不给带薪年假等，在仲裁同时建议到劳动监察部门举报，会对公司造成较大压力，可能迫使公司同意仲裁申请，赔付补偿金。其他方面不存在太大的影响。
法律依据：
《劳动争议调解仲裁法》第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
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