1、聘用协议与劳动合同的区别适用范围不同。狭义劳动合同适用的主体为企业，聘用合同适用的范围主要为事业单位。。企业的生产活动以营利为目的，事业单位从事的服务活动属于社会公益事业，在实现其经济效益的同时，必须把社会效益放在首位。
2、聘用协议与劳动合同的区别政府干预的程度不同。目前事业单位仍在改革当中，作为聘用合同一方当事人的用人单位尚不是完全意义上的独立的市场主体，这一点与企业已在改革中成为独立的市场主体也有所区别。国家在一些重要方面对事业单位仍实行宏观管理，主要表现在以下方面：
(1)编制管理。目前由国家核拨经费的事业单位仍实行严格的编制管理；
(2)经费管理。建国后，事业单位一直承袭行政机关的管理方式，经费全部由国家核拨。80年代后，事业单位相继进行财政、人事等领域的改革后，形成全额、差额拨款、自收自支几种类型的事业单位。90年代后期，国家对事业单位的拨款改为定额补助的形式。但事实上，事业单位的经费仍有国家全额补助、差额补助等形式。如教育系统的中小学，基本是由国家全额拨款的。这些单位尽管对新录用人员通过聘用合同的形式，但其招生计划、教学计划及教师的等都是按照国家有关规定进行的。
(3)工资制度。事业单位向聘用人员支付的工资报酬，主要是按照国家规定的标准支付。劳动合同的工资主要由企业自主决定。
3、聘用协议与劳动合同的区别管理监督部门不同。按照国务院各部门的职能分工，目前，事业单位和企业分别由国务院人事部和劳动保障部对其进行宏观政策指导和监督。这一体制有利于分工负责，也产生一些弊端。聘用合同实施过程中，有关部门的宏观政策协调、工作协调以及对具体执行政策的区别与衔接的把握，对于从整体上推进事业单位和企业的改革，维护社会稳定是十分重要的。
