然后现有宅基地上的房屋没有房产证,土地使用权证书上登记兄弟二人的名字,哥哥转让自己的那份土地使用权?

首先，关于宅基地使用权的转让，根据现行法律规定，宅基地属于集体所有，村民只有使用权，没有所有权，宅基地使用权的转让受到严格限制，一般情况下，宅基地使用权不能随意转让给本集体经济组织以外的人员。在你描述的情况中，兄弟二人已签署协议，弟弟给哥哥50万，哥哥转让自己的那份土地使用权，但因为没有房产证无法完成土地权益登记。这种情况下，建议弟弟在建房前，与哥哥再次明确协议内容，确保双方的权利义务清晰。同时，可以考虑通过公证等方式，对协议进行公证，增加协议的法律效力。如果担心哥哥不配合办证，可以在协议中约定违约责任，明确如果哥哥不配合办证，需要承担相应的违约责任，如返还已支付的款项及赔偿损失等。此外，弟弟在建房过程中，应确保建房行为符合当地的规划和建设要求，避免因违规建房导致后续无法办理土地证等问题。最后，如果在办证过程中遇到困难，可以寻求当地法律援助或咨询相关法律人士，以维护自己的合法权益。我是杭州的吴亮律师，如果仍有疑问，欢迎追问或一对一咨询。