我们签订劳务分包合同增值税3%，为什么公司走帐时又要收取5%呢？合理合规吗？

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3%和5%都是增值税征收率，不是税率。
按照规定，发票开具错误，应当作废重开，红字开具红字发票后重开。
如果开具的是增值税专用发票或者增值税普通发票，没有作废或红冲后重开，则销售方应当按照较高的税率或征收率计算缴纳增值税。而购进方不得抵扣进项税额。
所以，开错发票没有作废或者红冲，你应当按照5%征收率计算应纳增值税，并做账务处理。

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财政部 国家税务总局财税〔2021〕122号公告规定：自2021年1月1日起至2021年12月31日，对按月纳税的月销售额或营业额不超过3万元（含3万元），以及按季纳税的季度销售额或营业额不超过9万元（含9万元）的缴纳义务人，免征增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、水利建设基金、文化事业建设费。举例回答：小规模纳税人，增值税季报的，1月销售了3.1万，假如2、2月两个月都没有销售，那么4月份报税的时候，1-3月销售额为3.1万，销售额不超过9万元，所以是免税的新规定《财政部税务总局关于延续小微企业增值税政策的通知》（财税{2021}76号文件）规定：为支持小微企业发展，自2021年1月1日至2020年12月31日，继续对月销售额2万至3万元的增值税小规模纳税人，免征增值税。