劳动合同可以扣除休息日工资吗？

结论：不可以。
解析：
不可以。
依据我国相关法律规定，劳动者是有休息时间的，在法定的休息时间内，是计算劳动报酬的，用人单位不得扣除休息日的工资。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第三十六条
国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第三十八条
用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
第五十一条
劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。