根据国税函(2010)79号第三条规定：“企业转让股权收入，应于转让协议生效且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。”
上述文件明确了纳税义务发生时间以及如何计算股权转让所得，股权转让所得=转让股权收入—取得该股权所发生的成本。
转让股权收入包括货币和非货币形式的收入，对于非货币形式的收入根据企业所得税法实施条例第十三条之规定，应按照公允价值确定收入金额，公允价值，是指按照市场价格确定的价值，实务中在没有可供参考的市场价格的情况下，可依据评估价格确定。
对于取得股权所发生的成本的理解，应结合企业所得法实施条例第71条中关于投资资产计税基础的规定：通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本;通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。而根据财税(2014)116号文件之规定，若该非货币性资产的转让所得存在递延的情况，则相应股权成本也应该进行调整而非一次性将该非货币性资产的公允价值全额计入股权成本。
如果我们能够很好地理解投资资产计税基础的规定，则能很好地理解为什么在计算股权转让所得税时不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额，以及国税函(2010)79号文件中第4条的规定：“被投资企业将股权(票)溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础。”而对于以未配利润转增股本的情况，是否可以相应增加计税基础，文件并未规定，但实务中各地税务机关大部分均认为未分配利润转增股本应划分为两步理解：
1)分配未分配利润;
2)股东用分配所得的利润增加投资，由于符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资所得免税，因此在这个环节法人股东无需缴纳企业所得税，同时可以相应增加股权投资成本。
因此，在存在较大的可供分配利润的情况下，先分配后转让股权可以节省较大的税收。
对于公司股权转让所得税来说，公司发生股权转让时要依据税务法，并结合自身情况，按照规定足额缴纳即可。依法纳税也是每个企业应尽的责任和义务。转让股权即为变革了股权的拥有者，依法征收所得税也是确保股权的稳定，防止胡乱变更股权的情况出现，确保企业的稳定发展。
