(1)两者的构成要件不同。依据各自的概念，我们可以看出，事实婚姻在我国目前审判实际中的发生、认可是受到特定时间，特定条件等方面限制的。而同居关系的构成相对来讲限制较少。
(2)两者的法律后果不同。一旦被认定为事实婚姻的，具体处理时则视同具有法律效力的结婚，与合法的经登记缔结的婚姻关系同样对待。而如果被认定为属于同居关系，则这种同居关系本身将不受到法律的保护。
(3)适用的程序及相关的规定不同。对属于事实婚姻关系的案件，人民法院受理后，依法要先进行调解，调解和好或者撤诉的，确认该婚姻关系有效，发给调解书或裁定书;经调解不能和好的，根据各案情况的不同，即可以调解离婚或者判决准予离婚。
