1、未来使用费用不确定。前者如按公建用途规定，其水、电、暖等使用费用都将采取商用价格。所以，对于购房者应该在购房时询问清楚。目前，开发商大多在前期开发中采取相应的补救措施，能按民用价格缴纳。
2、相关税费的差异。普通住宅项目初次购买和未来转让时契税为1.5%，而50年产权的住宅，其契税按3%缴纳。
3、贷款条件的限制。购买此类房屋大多不能申请公积金贷款，但是也有少数项目在开发商的努力下能够办到。另50年产权或者40年产权的住宅，如采用银行贷款的方式，只能得到五成或六成按揭。
4、建设标准不同。如果按照公建相关要求，前者的人防和消防等建设标准较高，对开发商而言，成本将提高，但对购房者的使用影响不大。
