一、集体宅基地所有权的补偿
1、按所有权价值补偿
宅基地被征收后，农村集体经济组织的所有权就会丧失，所以必须按所有权价值进行补偿。
2、按建设用地价值补偿
宅基地属于非农业建设用地，应当参照建设用地补偿标准，综合宅基地所在位置、供求关系等因素确定其价值。按照《土地管理法》第47条规定，征收宅基地应当参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费标准确定。该规定忽略了宅基地与耕地在性质、功能、价值等方面的差异，与当前经济发展状况不相适应，应当及时作出修改。
3、按市场价值补偿
市场价值是平等的交易双方在自愿的基础上，通过竞价达成的双方都能接受的价格。房屋的市场价值要受自然环境、经济环境、社会环境等因素影响。就我国当前实际情况来说，农村的经济发展水平得到提高，生活环境得以改善，基础设施不断健全，加之农村自然环境优美、人口密度低、通风采光好，各种因素相结合使城镇居民趋之若鹜从而提高了其市场价值。因此，农村房屋具有很大的升值空间。在征收宅基地时各种因素必须要综合考虑，以提高农民的财产性收入，降低由于丧失宅基地而引发的不满情绪。
二、农户宅基地使用权补偿
宅基地使用权指农村集体经济组织成员依法享有的在集体所有的土地上建造个人享有所有权的房屋的权利。对宅基地的补偿有重新安排宅基地和货币补偿两种方式，农民可以根据自己的需求进行选择。由于宅基地使用权是农民享有的事关其安身立命的最重要的权利，有条件的集体经济组织要综合考虑被征收宅基地的面积、地理位置等情况，重新为农户安排适合的宅基地，供其建造房屋使用。不能重新安排宅基地的，要按照公平原则确定货币补偿的数额，将其直接支付给农户。领取货币补偿后，农户不能再申请获得宅基地。
三、房屋及附属设施所有权的补偿
对于房屋的补偿主要包括房屋价值的补偿、搬迁补偿和安置补偿。另外，要区分房屋的用途，对于营业用房、生产加工业用房、办公用房要通过评估确定其价值。
由于农村居住环境具有一定的特殊性，一般情况下每户都有独立的院墙、菜窖、仓房等附属设施，对于这些附属设施要根据市场价格一并给予补偿。
