地铁实习期间公司以迟到,要求员工主动辞职或被公司辞掉但档案影响以后找工作?

可以协商离职，但该付的工资还是要支付的。

公司扣绩效是否合法，得看公司有无相关规章制度且是否合法合规、有无公示告知员工。若有合法有效的制度规定这些情形扣绩效，那扣为零可能合法；反之则不合法。解决方案是与公司沟通，了解制度依据；若沟通不成，可收集上班证据等，考虑劳动仲裁维护权益。