我因为突然生病不能上班，先是请假五天

如果按劳动法，加班一天都有工资。

旷工离职有工资，1 你可以要回的工资，按劳付酬，这是劳动者最基本的权利，公司不会扣，也不敢扣的。
2 你所说的违约是指要提前辞职，按现在的劳动合同法规定，即使你在合同中写了违约要扣钱，这也是无效条款，公司不会扣你的钱的。
3 如果公司扣了你的钱，你有几条途径可以维护自己的权利:
一是向当地的劳动监察大队举报。
二是如果劳动监察大队不处理的话，可以向当地的劳动争议仲裁委员会提起仲裁。
三是如果你对仲裁的结果不服，还可以向法院提起诉讼。
不用担心，属于你的劳动所得，公司是扣不掉的。