扣除个人所得税时，公司加了扣除那部分钱一起扣税，还是减去个人所得税后再计算个人所得税?

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根据个人所得税专项附加扣除暂行办法，纳税人的子女接受全日制学历教育的相关支出，按照每个子女每月1000元的标准定额扣除。
学历教育包括义务教育(小学、初中教育)、高中阶段教育(普通高中、中等职业、技工教育)、高等教育(大学专科、大学本科、硕士研究生、博士研究生教育)。
年满3岁至小学入学前处于学前教育阶段的子女，按本条第一款规定执行。
父母可以选择由其中一方按扣除标准的100扣除，也可以选择由双方分别按扣除标准的50扣除，具体扣除方式在一个纳税年度内不能变更。
纳税人子女在中国境外接受教育的，纳税人应当留存境外学校录取通知书、留学签证等相关教育的证明资料备查。