员工申请劳动仲裁时公司清算怎样处理

员工申请劳动仲裁期间公司进行清算，处理办法如下：
员工要及时向清算组申报仲裁请求。按照《中华人民共和国企业破产法》和《中华人民共和国公司法》，公司清算时，清算组需通知债权人申报债权。员工作为债权人，劳动仲裁诉求属债权范畴，要在规定期限内申报，说明仲裁情况和诉求金额等。
要是仲裁程序没完结，仲裁庭会根据情况决定是否中止仲裁。若清算对仲裁结果有实质影响，仲裁庭可能中止仲裁，等清算情况明确后再恢复。若清算不影响仲裁的事实认定和法律适用，仲裁庭可继续审理并裁决。
若仲裁裁决员工胜诉，公司进入清算程序，员工权益会在清算中优先受偿。根据《中华人民共和国企业破产法》，破产财产优先清偿破产费用和共益债务后，先支付职工工资、医疗和伤残补助、抚恤费用，应划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法定补偿金。
若清算组发现公司财产不足以清偿全部债务，要依法向法院申请宣告破产。在破产程序中，员工合法权益会按法定顺序得到保障。

案情回顾:

小朱是某公司员工，因劳动纠纷申请劳动仲裁。在仲裁期间，公司启动清算程序。小朱不知如何保障自身权益，且担心仲裁结果受清算影响。同时公司清算组未主动联系小朱告知申报债权事宜，双方存在沟通不畅问题。

案情分析:

1、依据相关法律，小朱作为债权人，应及时向清算组申报仲裁请求，说明仲裁情况和诉求金额等。
2、若仲裁程序未完结，仲裁庭会视清算对仲裁结果有无实质影响，决定是否中止仲裁，若不影响可继续审理裁决。
3、若仲裁小朱胜诉，在公司清算中其权益应优先受偿，公司破产财产优先支付职工工资等费用。
4、若清算组发现公司财产不足以清偿债务，应依法向法院申请宣告破产，在破产程序中小朱合法权益会按法定顺序得到保障。