企业减少注册资本后的资金一种处理方式是归还股东，另一种则是因为企业资金不足无法退还时，企业做资本公积或弥补亏损。
1.根据《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》(国家税务总局公告2011年第34号)：“投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回;相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得;其余部分确认为投资资产转让所得。”
实务中，有的股东是原始股东，减资部分是其原投资的部分，此部分属投资收回，并不需缴纳企业所得税。但若股东当初是以股权转让方式取得股权，且收购价格低于原股东实际投入，即所谓的折价收购，企业减资股东实际取得的资金高于对收购投资额，则会产生收益，收益分股息所得(境外法人税率10%，境外自然人免征)，及资产转让所得(境外法人税率10%，境外自然人税率20%)。
举例来讲，2015年境外A公司以200万美元投资境内B公司，初以100万美元将B公司股权转让给甲公司，结束，B公司账面亏损1.000万人民币，拟减资120万美元，并将减资款支付给境外甲公司，对于甲公司而言，由于其投资成本为100万美元，减资款120万美元高于对投资成本，超出的20万美元应视同资产转让所得，依10%税率缴纳所得税。
2.减资后资金并未退还股东，而是留存企业账面，应属受赠资金行为。
根据企业所得税法第六条规定，企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，除免税及不征税收入外，均应缴纳企业所得税。以及企业所得税法实施条例第六条，企业所得包含接受捐赠所得。故依税法分析，减资弥补亏损可以视为公司减资后将款项归还给股东，股东再捐赠给公司的行为，受股所得应纳入企业当年度应纳税所得额一并缴纳企业所得税。
资金的赠与并不属于增值税应税范围，亦不属股权印花税规定范围，故也不会产生增值税及印花税。
无论是减资退还股东还是留存企业账面，注册资本均需变更，属于应作税务登记变更的事项，所以企业减少注册资本要到工商部门办理变更登记，并到税务部门办理变更税务登记。
