双方户口不在一起不影响办理办独生子女证。
独生子女证办理，是要求到孩子户籍所在地计生部门进行办理的，因此父母双方不在同一户口簿情况下是不影响独生子女证办理的。
办理《独生子女父母光荣证》需要提供以下资料办理：
1、《独生子女父母光荣证申领表》;
2、身份证、户口簿、结婚证(因离婚或丧偶单独申领的，提交离婚证或离婚判决书或离婚调解书或配偶死亡证明)原件及复印件1份;
3、子女出生医学证明或收养证明;
4、夫妻免冠一寸照片三张(离婚、丧偶的提供免冠单人一寸照片两张)。
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