合同一般是由双方当事人协商一致变更的。一般情况下，在实践中，当事人协商变更合同的基本程序是：
一、一方提出或者发出变更合同的书面建议(或者通知，下同)。
也就是说，在符合条件的情况下，要求变更或者解除合同的一方当事人，应以书面形式向对方提出建议。这种建议一般包括下列主要内容：
(一)变更合同的理由;
(二)有关后果(包括赔偿责任)的处理;
(三)对方答复期限等。
二、另一方对变更合同的答复。
另一方当事人接到对方变更合同的书面要求后，要在法定或者约定的期限内以书面形式予以答复，表示同意或者不同意，同意的并可提出不同的意见(对后果处理)。逾期不答复的，视为默认。例如，根据《工矿产品购销合同条例》第八条规定规定，要求变更合同的一方当事人，应当及时以书面形式(包括文书、电报等)通知对方;对方应在接到通知后15天内(另有规定或者当事人另行商定期限的，按规定或者协议执行)予以答复，逾期不答复的，视为默认变更。
三、三双方达成变更合同的协议。
双方都表示同意变更合同的，经过协商同意，达成一致意见后，应制作变更合同的协议书。该协议书包括有关文书、电报等。
对于因不可抗力、情势变更和意思表示不真实等产生变更请求权而变更合同，对方不同意的，权利人可请求法院或仲裁机构变更。例如，对于意思表示不真实而订立的有关合同，包括重大误解的合同、显失公平的合同、因欺诈而订的合同、因胁迫订立的合同、乘人之危所订的合同等，根据《合同法》规定，受害人不要求撤销的，可以向法院或者仲裁机构请求变更。法院或者仲裁机构通过诉讼或仲裁程序强制变更合同，实际上是对变更请求权人权益的保护。
需要强调的是，对于根据有关法律或者行政法规规定需要经由有关主管部门批准、登记等手续方能生效的合同，如某些涉外合同、大型交通工具和不动产买卖或者租赁合同等，其变更不仅要当事人达成协议，还必须办理上述手续。
