赔偿的原则不同。根据《道路交通安全法》的规定，对机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在交强险责任限额范围内予以赔偿。而商业险中，保险公司是根据投保人或者被保险人在交通事故中应负的责任来确定赔偿责任。
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保障的范围不同。交强险的保障范围广，商业险的保障范围相对狭窄。发生保险事故时，交强险不仅承担被保险人有责任时依法应由被保险人承担的损害赔偿责任，而且还要承担被保险人无责任时其相应的损害赔偿责任。而商业险在被保险人无责任或者无过错的情况下，保险人不承担赔偿责任。另外，在商业险条款的“责任免除”项下还列明了许多保险人不承担赔偿的情形。
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具有的强制性不同。根据《机动车交通事故责任强制保险条例》的规定，机动车的所有人或管理人都应当投保交强险。同时，保险公司不能拒绝承保、不得拖延承保和不得随意解除合同。而商业险不具有强制性，投保人与保险公司在自愿、平等的条件下订立保险合同。
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保险费率的不同。根据《机动车交通事故责任强制保险条例》的规定，交强险实行全国统一的保险条款和基础费率，保监会按照交强险业务总体上“不盈利不亏损”的原则审批费率。而商业险是以营利为目的，保险费率也比较高。商业险的保费取决于很多因素，如保险金额、车型、车龄等。
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赔偿的限额不同。交强险实行分项责任限额。交强险合同约定对每次事故在一定项目下的赔偿限额内负责赔偿，如死亡伤残赔偿限额为11万元，医疗费用赔偿限额为10000元，财产损失赔偿限额为2021元。商业险的赔偿限额可由被保险人在5万元至100万元或者以上中选择，远远高于交强险。
