1、本罪与非罪的界限
对包庇毒品犯罪分子的犯罪应综合全案各种情况，如果被包庇的毒品犯罪分子所进行的毒品犯罪情节轻微，毒品数量很小，受刑罚处罚较轻，或不需要追究刑事责任，而且包庇毒品犯罪分子的主观恶性也比较小，那么包庇行为本身社会危害性就小，一般不作为犯罪处罚。在实践中要注意正确区分本罪与知情不举行为的界限。“知情不举”是指明知是毒品犯罪分子，而不向司法机关检举揭发，也没有向司法机关作虚假证明，对犯罪分子也不提供积极帮助，表现为消极不作为，这种消极不作为，由于我国法律没有规定知情不举罪，因此不构成包庇毒品犯罪分子罪。
2、本罪与包庇罪的界限
二者的主要区别在于包庇的对象不同，前者包庇的对象，必须是走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子，而后者所包庇的对象，则是除上述犯罪以外的刑事犯罪分子。
3、本罪与非法持有毒品罪
（1）非法持有毒品罪，《刑法》第348条规定，是指明知是鸦片、海洛因、甲基苯丙胺或者其他毒品，非法持有并且数量较大，根据证据尚不能认定为其他毒品犯罪的行为。
（2）包庇毒品犯罪分子罪，《刑法》第349条第1、2款规定，是指明知是走私、贩卖、运输、制造的毒品犯罪分子，而向司法机关作虚假证明，掩盖其罪行，或帮助其毁灭罪证，帮助其逃跑等，使其逃避法律制裁的行为。
