(一)股权转让个人所得税的计税依据即应纳税所得额，以股权转让价减除股权计税成本和转让过程中的相关税费后的余额为应纳税所得额。股权计税成本是指自然人股东投资入股时向企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
股权转让应纳税所得额=股权转让价-股权计税成本-与股权转让相关的印花税等税费。
自然人股东部分转让所持有股权的，转让股权的计税成本按转让比例确定。
转让股权的计税成本=全部股权的计税成本×转让比例。
(二)计税依据明显偏低的判定及核定
《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》(国家税务总局公告2010年第27号)规定，个人股权转让计税依据明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可采用公告列举的方法核定，包括以下方式。
1、参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。
对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
2、参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。
3、参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。
4、纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。
