如果用人单位以传播负能量为由，辞退员工是否合理？

结论：不合理。
解析：
公司没有合法理由辞退你属于违法解除劳动关系，可以依法要求公司支付全额工资，还可以要求支付赔偿金
法律依据：
《劳动合同法》第八十七条
用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

员工故意传播病毒的可能涉嫌以危险方法危害公共安全罪，收到刑事处罚，用人单位是可以解除劳动合同的。
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。

在劳动合同期内，或未签订劳动合同，用人单位单方面无缘由解除劳动关系的，劳动者可获得工作每满一年支付两个月工资的赔偿金。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付一个月工资的经济补偿。