高中学生有两个学籍会影响高考吗？

可以修改。
依据《全国中小学生学籍信息管理系统关键业务应用指南》
第一章 学籍注册
5.问题学籍处理
　　问题学籍包括三种类型。
（1）身份证号错误。指身份证号错误的学生信息，经公安部身份认证完成后下发，包括身份证号不存在、姓名和身份证号不匹配两种错误类型。该类处理方式以变更和删除为主，经公安户籍部门确认确实无误的，需上传公安户籍部门证明材料进行佐证。
第二章 学籍日常管理
1.学籍信息修改
　　各省（区、市）需先通过受控字段设置确定本省（区、市）的关键信息项。学生非关键信息由学校通过学籍维护进行修改。定义为关键信息的学籍信息项，由学校发起变更申请，同时上传相关证明材料（身份证号、姓名、性别、出生日期变更的，需提供户籍部门出具的证明材料），经学校核办和上级学籍主管教育部门核办后，数据变更方可生效。针对学生身份证件类型、身份证件号、姓名、性别、出生日期变更的，系统将进行自动查重处理。