1、行政许可申请审查分三个阶段：第一个阶段为初步审查。第二个阶段为实质性审查。第三个阶段为真实性核查。
形式审查是指行政机关依法只需要审查申请人提交的行政许可申请材料是否齐全、是否符合法定形式，而不需要对申请人提交的申请材料所反映情况的真实性进行核实，即可据此作出行政许可决定的一种审查机制。形式审查往往只适用于一些比较简单的行政许可事项。
实质审查是指行政机关依法需要对申请人提交的行政许可申请材料所反映的情况的真实性进行进一步核查，然后根据核查结果作出是否给予行政许可决定的一种审查机制。
2、行政机关对许可申请的审查方式主要有：
①考核；②检验、检测、检疫、勘验、鉴定、体检等技术性检查；③评审论证；④实际调查。
申请人不可能主动向行政机关反映他人的利益，而
利害关系人并不自始参加行政许可程序，对其利益即将受损的情况往往并不知晓，若无行政机关的主动告知，其权利便将遭受难以预知的损害，而对此种损害提供事后救济的成本要大大高于事先预作防范的成本。为此，法律必须设计有相应的程序，对他人利益给予切实保护。
对涉及他人重大利益的行政许可事项进行审查时，行政机关履行其告知义务的方式主要包括：对特定利害关系人的个别告知，以及面向所有潜在的利害关系人的公告。并允许利害关系人在此期间提出异议。告知内容包括该决定的事实根据、法律依据和
行政相对人依法享有的权利等等。
