有财产担保债权的申报和别除权的行使是有区别的。要求有财产担保的债权人在法定期限一个月或三个月内申报债权，并注明有财产担保，这是对有财产担保债权申报方面的要求。而别除权的行使则不是必须在法定债权申报期限内进行的。相反，在破产案件受理后至破产宣告前的这段时间内，有财产担保债权人行使别除权要受一定的限制。最高人民法院《关于贯彻执行中华人民共和国企业破产法，(试行)若干问题的意见》第39条第2款规定，“担保物权人在破产案件受理后至破产宣告前非经人民法院同意，不得行使优先权。”其主要原因是，根据《企业破产法》第十七条、第十八条第一款以及《民事诉讼法》的相关规定，在人民法院受理破产案件后三个月的法定期限内，债务人可能向债权人会议申请和解，一般情况下，债务人企业主要以房产、土地使用权、设备等财产提供担保，如果允许各担保权人自由单独行使别除权，可能会影响债务人的完整性，并直接动摇债务人赖以整顿的物质基础，难以达到重整的目的，从而影响和解协议的达成，使债务人丧失重生的机会，损害多数债权人和债务人的利益。
一、有违《企业破产法》和《民事诉讼法》关于有财产担保的债权也应在法定期限内申报的明文规定;
二、不利于债权人会议对有财产担保债权人的债权和担保权的及时审查，不利于法院和清算组对破产企业资产状况和债务情况的尽早全面掌握;
三、容易导致债权人怠于在法定期限内进行申报，致使其未能优先受偿的债权丧失通过破产程序进行受偿的机会;
四、如果对有财产担保的债权人在清算组制定的分配方案已经债权人会议讨论通过并经法院裁定确认后、在财产分配前提出优先受偿的请求仍然给予支持的话，那么人民法院必须撤销已经发生法律效力的分配方案裁定，这样必然会给审判工作带来很大被动，同时不能及时实施财产分配，影响了清算工作的顺利开展和破产程序的正常进行。
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