一、农村合作医疗报销流程为：
1、如果是在市内定点医疗机构就诊，可以直接在窗口刷卡报销。
2、在市外2级及以上的公立医院就诊，需要在出院的3个月后携带就医资料以及身份证、户口簿前往区服务中心报销。
3、审核通过后，报销的费用会打到指定的银行账户中。
此外，也可以把相关材料交给村（社区）合作医疗联络员，让医疗联络员帮忙报销。
二、农村合作医疗报销所需材料：
1、身份证或户口簿原件及复印件；2、新农合医保卡。
3、门诊病历、出院小结原件及复印件。
4、医疗费用原始收据。
5、费用明细清单。
6、若委托他人办理报销的，需提供受托人的身份证及复印件。
三、费用核算县级定点医疗机构：由县级定点医疗机构合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署核算意见。乡镇定点医疗机构：由乡镇卫生院合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署初审核算意见后，由复核人员或者乡镇专职审核员对初审项目和补偿金额进行审核，签署审核意见。
四、费用兑付：费用兑付由县级以下定点医疗机构合作医疗窗口兑付人员根据审核意见，向申请人支付应当报销的医药费用，并由申请人或者其代理人在《新型农村合作医疗住院补偿表》上签字。
法律依据
《社会保险法》
第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
