鉴定程序违法，死树造价能否从工程款中扣除？

20XX年，内蒙古XX衡生态环境工程有限责任公司（以下简称XX公司）中标呼和浩特市XX区林业局发包的绿化工程，双方签订《XX区绿化工程施工合同》。工程竣工后，XX公司出具结算审计报告，双方均盖章确认。但林业局对报告存疑，申请司法鉴定，鉴定报告显示存在死树造价。林业局上诉，要求扣除死树部分工程款及不支付利息。

刘昊东律师接手本案，该律师自2019年开始执业。他首先逐页翻看了XX公司出具的0XX号结算审计报告和内蒙古海誉工程项目管理有限公司作出的002号鉴定意见书，将两份报告中关于工程造价的部分进行对比，发现XX公司的报告工程造价低于002号鉴定意见书。接着，他仔细研究合同条款，明确案涉工程养护期为2014-2016年秋季，而002号鉴定意见书的鉴定基准年为2020年，即现场勘查确认时间。他认为，养护期之外的苗木成活率不在XX公司负责范围内。最后，他发现林业局在不认可XX公司结算审计报告的情况下，用该报告确定较低的工程造价减去002号鉴定意见书中的死树价格，是用两个不同的定案标准相减得出有利于自己的结果。