2013年1月22日，菲律宾共和国时任政府单方面就中菲在南海的有关
争议提起仲裁。2013年6月，菲方不顾中方强烈反对，成立了由5名人员组成的中菲南海争议仲裁庭。 其后2013年7月，也就是临时仲裁庭成立的第二个月，它以人力和资源有限为由，把秘书服务正式“外包”给常设仲裁法院，具体服务内容包括协助查找和指定专家，发布信息和新闻稿，组织在海牙和平宫举行听证会，支付仲裁员和其他人员的费用等 ，也就是选定常设仲裁法院作为案件的书记处。南海仲裁案的费用要由当事双方承担。在中方坚决反对的情况下，“菲律宾出了双份钱”。
2015年7月7日，法院首次举办了听证会。 2015年10月29日，仲裁庭作出管辖权和可受理性问题的裁决。 2016年7月12日，海牙国际仲裁法庭对南海仲裁案做出“最终裁决”，判菲律宾“胜诉”，并否定了“九段线”，还宣称中国对南海海域没有“历史性所有权”。
