当股东大会形成的合并决议有瑕疵时，小股东可以向法院提起撤销合并决议的
诉讼。撤销之诉主要因股东大会的决议在程序形式等方面不符合法律
法规及
公司章程的规定而提起的，只要决议有瑕疵，任何一个股东都有权提出撤销合并协议的诉讼。在合并决议有严重瑕疵的情况下，小股东可以提出确认合并无效之诉。所谓严重瑕疵，是合并协议在内容上违反了法律法规和公司章程的规定，比如违反了股东保护的平等原则、
大股东滥用
表决权严重损害小股东的利益等。
法律依据：
《最高人
民法院关于适用<中华人民共和国
公司法>若干问题的规定
（三）》第二十四条
有限责任公司的实际
出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该
合同效力发生争议的，如无法律规定的无效情形，人民法院应当认定该合同有效。
前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东
主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司
登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。
实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。
