1、企业未能正确认识内部控制
很多国内企业对内部控制的认识还停留在比较原始的阶段，认为内部控制就是内部监督，企业大多把内部控制看作是一堆堆的手册、各种文件和制度；也有的企业把内部成本控制、内部资产安全控制等视为控制；有的企业甚至对内部控制的认识还未理性化。我国的内部控制起步较晚，经过十几年的发展，虽有＿定的成绩，但与发达国家相比仍有明显的差距，由此导致我国国有资产大规模流失等现象的频繁产生。
2、公司治理机制不完善
内部控制作为由管理当局为履行诸管理目标而建立的一系列规则、政策和组织实施程序，与公司治理及公司管理是密不可分的。内部控制框架与公司治理机制的关系是内部管理监控系统与制度环境的关系。我国许多上市公司虽然设立了董事会、监事会，但在实际工作中，监事会、董事会的监控作用严重弱化，企业未能从根本上建立符合企业发展需要的公司治理机制。很多公司或者没有内部审计机构，或者建立的内部审计机构没有发挥应有的作用。由于公司治理机制不完善，往往缺乏有效的控制措施，产生了大量无为的内耗，无形中提高了公司的经营成本。
3、预算管理不规范
在实践中，大多数企业的预算是由总经理组织编制，报董事会批准后实施的，由于信息不对称，董事会不可能对预算提出实质性意见，预算管理中董事会职权弱化的现象十分突出，从而兹生了预算管理中的内部人控制现象，削弱了预算管理的计划、协调和控制的作用，为内部控制留下了隐患。
4、管理权责不清
在我国的企业中权责不清现象严重，在企业中往往存在着﹁些谁都可以管谁都又可以不管的“自由”区域，当这些区域出了问题以后常常是互相推卸责任，无法追究责任，最终不了了之。而且由于期间的沟通不畅，常会发生资源的浪费和决策的失误。这都给企业造成了负面影响，也阻碍了企业的持续发展。
5、激励约束机制不健全
我国企业控制活动中很大的一个薄弱环节就是激励约束机制不够健全、有效。计划可能是好的，但由于没有人去考核、去检查或者说没有认真的去考核、去检查，而只是搞形式、走过场，其执行效果可想而知。无论我们的制度多么先进、多么完备，在没有有效控制、考核的情况下，都很难发挥出它应有的作用。
