1、立案调查阶段。区城市管理行政执法局对违法建筑案件进行受理、查证、调查和认定。查清违法建筑形成的时间、原因、结构、面积、用途，现在的实际占有人或使用人等，是否存在民事纠纷，是否存在同时违反两个以上的行政法律规范的情形，是否已经行政执法机关查处等。
具体程序包括案件受理登记、案件立案审批、现场检查、现场勘验、询问调查通知、询问调查等。（必须由两名执法人员到现场检查，对在建工程，必须立即下达《停工核查通知书》）
2、处理审批阶段。调查终结后，承办人在调查、取证的基础上，根据淮安市城乡规划的具体时间合情合理地确定违法建筑的时间界限，严格按照市委、市政府的有关文件要求对违法建筑进行准确认定，在5日内提出处理意见，并制作《案件处理审批表》报局法制机构审批；重大或复杂案件需领导集体研究决定；经审批后，承办人根据《行政处罚法》第三十一、三十二、四十一、四十二条的规定制作《行政处罚事先告知书》，向当事人告知有关事项，对于当事人的陈述、申辩或听证情况，由城市管理行政执法局法制机构进行复核，并将复核意见记入《陈述申辩听证情况处理审批表》。
3、决定送达阶段。依据《城乡规划法》及其它有关法律法规的规定，城市管理行政执法局拟作出对违法建设的限期拆除决定，应由城市管理行政执法局领导集体审议决定。承办人员根据决定，应及时制作《限期拆除决定书》。当事人在收到《限期拆除决定书》后，应当在规定期间内自行拆除违法建筑。（《限期拆除决定书》上作出的限期拆除的期限，按照违法建设体量大小确定合理期限，一般为3-10天）
